本发明提出了一种程序代码安全防护方法、装置及存储介质，该方法包括：生成步骤，对java程序代码中需要隐藏的函数进行标注后生成native函数；编译步骤，将所述native函数生成C/C++代码并编译为so文件；重定向步骤，在所述java程序代码中对需要隐藏的函数的调用重定向为对所述native函数的调用以生成重定向后的java程序代码；打包步骤，对重定向后的java程序代码进行编译生成apk文件，将所述so文件和apk文件打包在一起。本发明通过干扰Java层函数的交叉引用的方法来降低代码的可读性，即对要隐藏的逻辑链中的每个Java函数的生成一个对应的native函数，并将Java函数的调用全部替换成对应的native函数的调用，这样，破解者无法找到Java函数之间的调用关系,提高了程序代码的安全性。