本发明公开了一种基于Skyline查询生物特征的身份认证方法及系统，包括：获取每个用户在多个特征属性维度的初始生物特征数据，并按照预设的处理策略对所述初始生物特征数据进行处理，以获取每个用户对应的经过处理的生物特征数据；按照预设的规则对每个用户对应的经过处理的生物特征数据进行融合处理，以获取每个用户对应的预设格式的生物特征数据；利用Skyline算法对每个用户对应的预设格式的生物特征数据进行训练，以获取每个用户对应的认证数据集；获取当前用户实时的生物特征数据，确定与所述当前用户对应的认证数据集，利用Skyline算法计算当前用户实时的生物特征数据和所述当前用户对应的认证数据集之间的支配关系，并根据所述支配关系确定身份认证结果。