电子密度推定方法包括：通过将第1输入数据输入到电子密度预测器来算出第1电子密度；执行使用第1输入数据和第1电子密度的数值模拟来算出第2电子密度，数值模拟是将第1输入数据和第1电子密度设定为初始值并将使用密度泛函方法的更新电子密度的处理进行一次以上的处理，所述第2电子密度不是使用所述密度泛函方法求出的收敛值；通过算出使第1电子密度与第2电子密度的差量最小化的电子密度预测器的参数来使所述电子密度预测器学习；从测试数据库取得第2输入数据，向被设定了算出的参数的电子密度预测器输入所述第2输入数据，推定第3电子密度；将推定出的所述第3电子密度输出。