本发明涉及烟草农业微生物发酵技术领域，具体涉及一种防治烟草黑胫病的复合生防菌剂的制备方法，所述的复合生防菌剂的菌种包括多粘类芽孢杆菌‑LB‑9以及近渐绿木霉菌‑YCS‑Tr2；使用LB培养基培养多粘类芽孢杆菌‑LB‑9菌株，以及使用马铃薯葡萄糖琼脂培养基培养近渐绿木霉菌‑YCS‑Tr2菌株，从而分别制取多粘类芽孢杆菌‑LB‑9发酵液以及近渐绿木霉菌‑YCS‑Tr2发酵液；将制取多粘类芽孢杆菌‑LB‑9发酵液和近渐绿木霉菌‑YCS‑Tr2发酵液的按照体积比1:1至1:2的配比进行混合，并将制取的混合液浓缩10倍，从而制取生防菌发酵液；制取助剂配方，助剂配方的原材料包括萘磺酸盐、硅酸镁铝、黄原胶、甘油以及卡松，并将制取生防菌发酵液与助剂配方进行混合，从而制取复合生防菌剂。