本发明公开了蓝藻膜脱水的工艺，用于该工艺上的装置包括高分子膜过滤仓体、声波发生装置、声波隔离安装支架、整机框架以及用于承接脱出水的脱水收集仓；工艺包括如下步骤：1)声波发生装置产生低频声波，低频声波促使高分子膜过滤舱体产生低频振动；2)通过输入管道向高分子膜过滤仓体内通入蓝藻水混合液体，在低频声波的作用下，游离水与蓝藻细胞产生不同的受迫振动，游离水快速通过高分子膜；具有完整结构的蓝藻细胞沿高分子膜一侧单向运动并汇聚在输出管道处；3)通过高分子膜的游离水下落至脱水收集仓。该工艺通过高分子膜结构，可不借助化学药剂，在无压状态下将蓝藻从自然水体中分离出来，游离水脱除率超过90％，排出水含藻率低于0.05％。