本发明提供了一种地表水侵入型储集层识别方法及系统。该方法包括：获取研究区目标储集层的自然电位测井曲线和自然伽马测井曲线；基于所述自然电位测井曲线获取目标储集层的第一相对泥质含量；基于所述自然伽马测井曲线获取目标储集层的第二相对泥质含量；基于所述第一相对泥质含量和第二相对泥质含量计算目标储集层的储集层类型判别因子；根据计算得到的目标储集层的储集层类型判别因子的大小判断目标储集层是否为地表水侵入型储集层。该方法能够有效识别储集层为常规储集层还是地表水侵入型储集层。