本发明提出一种吸收光谱数据的自适应实时压缩方法与系统。系统包括基于FPGA的激光器控制模块、预处理模块、提升小波变换模块、量化模块、位数处理模块、改进游程编码模块和数据传输模块组成的吸收光谱信号压缩模块。通过控制激光器调制激光的扫描波形函数，进行控制与测量的精准同步，并实现吸收光谱信号的切分预处理，再经提升小波变换和改进游程编码两级处理，结合阈值调整实现压缩率自适应的吸收光谱信号实时压缩。本发明的特点在于可控制扫描波形得到具有已知数据特征的吸收光谱信号，并利用FPGA的并行计算优势进行信号实时处理，降低了光谱数据压缩的硬件实现难度，有高压缩率、低损失率、自适应性和实时性的特点及广阔的应用前景。