本发明提供了一种降低基础约束的混凝土结构施工方法，分层浇筑施工时，在相邻的两层混凝土之间铺设高性能低弹模砂浆缓冲层，其中，在相邻的两层混凝土之间铺设高性能低弹模砂浆缓冲层的步骤如下：浇筑下一层混凝土，待下一层混凝土达到预设强度后，对下一层混凝土的分层浇筑界面进行凿毛处理，并用水润湿下一层混凝土的分层浇筑界面；在下一层混凝土的分层浇筑界面铺设高性能低弹模砂浆，形成高性能低弹模砂浆缓冲层；在高性能低弹模砂浆缓冲层上浇筑上一层混凝土。本发明旨在解决现有大体积混凝土结构裂缝控制方法的不足。