本发明公开了一种基于正射投影的鸟瞰图生成方法，包括：采集目标区域的影像数据，在目标区域布设像控点并进行坐标测量，得到目标区域的像控点坐标成果；确定投影轴以及坐标系旋转角度，根据旋转角度计算对应的旋转矩阵，并进行坐标系旋转；根据旋转后的像控点坐标进行空中三角测量，得到测量像片；计算测量像片的外方位元素数据，根据外方位元素数据得到三维模型；对三维模型进行数字微分纠正，生成正射影像图；对正射影像图进行图像处理，得到目标区域的鸟瞰图。本发明公开的一种基于正射投影的鸟瞰图生成方法，能有效解决现有技术能有效解决现有技术生成的鸟瞰图分辨率低、变形严重的问题。本发明还公开了一种系统和存储介质。