本公开提出了一种多能互补综合能源系统的能效优化方法及系统，包括如下步骤：确定待优化的综合能源系统的输入和输出，所述边界包括供气输出量，所述供气输出量中包括综合能源系统中未达到并网条件的电能转化的供气输出量；根据确定的输入和输出，获取综合能源系统的运行数据及系统参数；根据获取的运行数据计算综合能源系统的能源效率；根据计算获得的综合能源系统的能源效率进行综合能源系统的量化评估以及进行运行优化调度。本公开将P2G技术产生的天然气输出参与综合能源系统的能效计算，对达不到并网条件的电能加以利用，有效提升了系统的综合能源利用效率。