本发明公开了一种基于智能微电网的多站融合集成方法及系统，其中方法包括：根据多站融合功能定位确认能源子站的类型，以及根据变电站主变容量和站址空间，确定能源子站的容量；根据所述能源子站的类型和容量确定微电网结构，以及确定并网的微电网结构的运行方式；设计微电网的控制架构，所述控制架构包括微电网自治控制、微电网与电网协调控制；所述微电网自治控制对微电网内功率平衡进行协调控制，所述微电网与电网协调控制微电网与主网两级联合调度，实现系统多目标优化；基于多站融合功能定位设计微电网的控制策略；对微电网的可靠性进行验证，获取微电网的供电可靠性。