本发明公开了基于多DFACTS设备协调控制的台区电能质量治理方法和系统，当电流三相不平衡率大于治理启动定值，且母线三相电压均不低于电压治理定值，执行以电流三相不平衡率为控制目标的三相不平衡调控策略；当电流三相不平衡率不大于治理启动定值，但存在某相电压低于电压治理定值时，执行以电压为控制目标电压调控策略；当电流三相不平衡率大于治理启动定值，且存在某相电压U低于电压治理定值时，执行综合协调控制策略。本发明对电流三相不平衡率、电压质量和功率因数进行实时调控，解决了多DFACTS设备相互独立、调控速度慢、调控效果差的问题。