本发明公开了一种多频传输的跳频通信系统及通信方法，属于物联网多频传输系统领域；一种多频传输的跳频通信系统及通信方法，包括：控制单元、跳频信号发射单元、跳频信号接收单元、通信单元；跳频信号发射单元包括：振荡模块和滤波模块；本发明通过对跳频信号发射时通过振荡模块进行信号的分频和进行接收信号振荡，且滤波模块进行信号的分类传输，最后对信号进行将干扰信号剔除，此时时频图上会剩下部分信号，对剩余信号进行特征参数提取，通过对信号的脉冲序列数目、最大频率驻留时间差、平均驻留时间频率变化率进行识别输出，保证跳频信号的稳定输出，且减少跳频信号波形中产生的毛刺，同时可以保证信号传输稳定性。