本发明公开了一种水声通信探测信号处理方法、装置、设备及存储介质，相较于现有技术中将水下探测和水下通信作为独立的设备单独设计和使用的方式，本发明中将水下探测和水下通信结合在一起，基于预设声呐方程对弱目标回波信号进行建模，通过预设互相关搜索法对回波信号进行检测，并基于预设优化算法将待处理通信信号中的回波信号和通信信息进行分离，以获得目标回波信号和目标通信信号，进而分别进行解调得到探测结果和目标通信结果，从而可方便准确地对水声通信探测信号进行检测和分离，以实现在节点间通信的同时完成在通信节点覆盖范围内的水下物体的探测，达到更好的检测效果。