本发明属于植物基因工程技术领域。具体涉及一种中性突变体搭桥的植物自发突变基因的快速定位和克隆方法。本发明的目的在于克服现有技术的缺陷，利用EMS诱变剂组合物诱变产生的中性突变体来快速定位自发突变体基因。在同一遗传背景下，利用EMS诱变剂组合物诱变产生的中性突变体(即，没有肉眼可见的表型变异)与自发突变体杂交得到F1，继续自交得到F2代。通过筛选F2群体中极端隐性表型单株并混合测序，结合EMS诱变的中性突变体测序数据，利用生物信息学方法来快速定位突变基因。本发明与已知方法相比，具有筛选效率高，用时短和花费少等突出优点。本发明可用于自发突变基因的快速克隆。