本发明公开了一种用于电子式互感器校验仪的校准系统及方法，属于智能设备技术领域。本发明方法，包括：时钟基准模块，量子电压基准模块，标准信号源模块，感应分压器模块、标准CT模块和标准采样电阻模块，分频模块，差分采样模块，重构组帧模块，校验仪，本发明将量子电压基准应用于电子式互感器校验仪的校准，基于量子电压基准和差分采样技术实现模拟量的高精度采样，提升数字量信号的不确定度水平，相比传统的电子式互感器校验仪校准装置，本发明通过将数字量溯源至量子电压基准，提升整个校准系统的整体准确度，此外，将电子式互感器校验仪校准装置的量值溯源至量子基准，可实现量值的扁平化溯源。