本发明公开了一种基于高通量基因测序研究猪遗传多样性的流体控制装置，主要包括：一个用于盛装溶液的离心管、设置在所述离心管底端用于使离心管摇晃的底座、用于抽取所述离心管内溶液的第一控制机构、与所述第一控制机构相连通的用于溶液分装的第二控制机构、与所述第二控制机构相连通的用于控制上清液进液的第三控制机构；所述离心管管口设置有一个用于固定所述第一控制机构的固定塞，在所述离心管的顶端设置一个进液口，所述离心管设置在所述底座偏离中心位置处。本发明可对溶液的上清液和沉淀液进行快速分离，适合广泛推广。