本发明涉及一种噬菌体制剂中内毒素(LPS)的去除方法及其应用，所述方法包括步骤：用氯仿杀菌、通过离心的方式去除噬菌体制剂中细菌碎片等杂质→活性剂TritonX‑100将与噬菌体相结合的LPS解离，并使大分子LPS降解成小分子LPS→透析清除游离的小分子LPS→PEG8000浓缩提高噬菌体滴度及去除大分子LPS→氯仿去除引入的杂质→透析去除有机溶剂。其优点表现在：(1)成本低，所用设备简单，常规实验室均能满足。(2)在不影响噬菌体活性的基础上，实现去除噬菌体制剂中LPS含量至5EU/ml以下。(3)回收后活性噬菌体滴度最高可达回收前的120％。(4)对噬菌体或蛋白制剂的内毒素去除具有普遍适用性。