本发明公开了一种检测ctDNA中肿瘤特异基因的变异和甲基化的方法，该方法可以在一份样本中同时检测ctDNA中的肿瘤特异基因的变异(包括点突变、插入缺失突变、HBV整合等多种突变形式)和/或甲基化的方法，不仅样本量需求低，而且该方法制备的MC文库可以支持10‑20次的后续检测，每次检测的结果都可以代表全部原始ctDNA标本的突变状况及酶切位点覆盖区域的甲基化修饰情况，且不会造成灵敏度和特异性的降低。本发明对肿瘤早期筛查、病情追踪、疗效评估、预后预测等具有重要的临床意义，有重大的应用价值。