本发明提供了一种不同区域温度一致性高可靠自主控温方法，包括如下步骤：端差控温使能状态判断步骤、端温度采集步骤、端温度与设定最高阈值比较步骤、端温度与设定最低阈值比较步骤、端差阈值判断步骤、加热回路驱动步骤和固定延时步骤。本发明通过循环执行上述步骤，进行卫星端温度的动态采集和热控驱动，确保端温度的温度偏差在允许范围内，实现高精度的端差控温。本发明具有工程验证简单，应用灵活，针对于大面积、分散式热控容易引起结构热变形导致系统性能参数下降的问题，提出了端差控温的方法，满足卫星的大型天线与结构热控设计需求。