本发明公开一种特高压换流站单换流器故障的隔离方法、介质及系统。该隔离方法包括：对于每一换流器区域，在所述阴极刀闸和所述旁通刀闸之间依次串联阴极断路器和并联断路器，在所述旁通刀闸和所述阳极刀闸之间串联阳极断路器；当任一所述换流器区域发生故障时，控制故障换流器区域以及所述故障换流器区域所在换流站的对侧换流站的对应的换流器区域的断路器按照时序进行动作；其中，所述动作的时序包括：所述旁通断路器从分闸变为合闸，所述并联断路器从分闸变为合闸，所述阴极断路器从合闸变为分闸，所述阳极断路器从合闸变为分闸，所述旁通断路器从合闸变为分闸。本发明能实现换流器区域的设备故障点的快速隔离。