本发明涉及一种基于同频陷波器的旋变谐波误差软件自补偿系统，包括：伺服控制单元、误差评价单元、误差辨识单元、误差补偿单元；伺服控制单元用于控制负载按指令角速度稳定旋转。误差评价单元给控制伺服控制单元发送指令角速度，对伺服控制器输出的测量角速度进行频谱分析，将频谱分析得到的误差谐波次数N传送给误差辨识单元、误差补偿单元，作为调节误差辨识和误差补偿的依据。误差辨识单元使用相关积分法构造的同频陷波器对谐波次数为N的旋转变压器测角误差进行精准辨识，得到误差正弦量和误差余弦量。误差补偿单元根据误差辨识单元得到的误差正弦量和误差余弦量重构误差，并对旋转变压器输出原始角位置进行误差补偿。