本发明公开了一种气脉冲增透生物质发酵装置及方法，装置包括一组或多组脉动空气供气系统、甲烷供气系统和自控系统，脉动空气供气系统与甲烷供气系统相连通，位于上覆堆体的底部，通过空气射流孔向上覆堆体进行空气射流，形成角度α的气体射流区，自控系统分别与脉动空气供气系统和甲烷供气系统相连；利用自控系统主动识别生物质发酵堆体透气性，执行脉动曝气、射流增透、安全管理等作业；脉动空气供气系统在自控系统控制下可产生高压空气脉动射流为发酵堆体充氧；自控系统控制下脉动空气供气系统与甲烷供气系统配合可产生爆炸射流，实现堆体射孔松堆，提高堆体透气性。有效降低生物质发酵管理成本。提高充氧增透效果，实现资源的有效分配。