本发明提供了一种适合隧道工程岩体结构精细化重构的方法及系统。其中，适合隧道工程岩体结构精细化重构的方法包括获取岩体结构三维模型区域范围，得到模型体边界面；依次生成岩体结构三维模型的确定性结构面和推演性结构面，去除岩体结构三维模型边界外的平面部分；识别岩体结构三维模型体区域内的分区结构体；结合每个分区岩体结构体地质特征分布规律，通过蒙特卡洛随机模拟方法在每个分区岩体结构体内生成随机结构面，以随机结构面圆盘中心所在区域为归属区域，删除非包含在该每个分区岩体结构体的随机结构面外侧部分，构建出完整岩体结构三维模型体。