本发明涉及一种基于GIS的无人机海域监测方法，包括如下步骤：在GIS系统上，通过配置文件的形式获得无人机测控有关参数字段；对于特定无人机，接收该无人机实时的视频数据和飞控系统产生与存储的遥测数据；对于视频数据，利用基于灰度投影的方法实现对视频帧的快速运动估计，形成视频运动编码；对于遥测数据，根据遥测数据解析的无人机载荷状态数据和载荷状态数据，以时间为轴进无人机以及载荷的运动模式进行编码，得到遥测运动编码；实现遥测数据与视频数据的同步。