本发明涉及植物基因工程技术领域，具体涉及水稻osa‑miR5504基因在水稻矮化育种中的应用，通过基因工程技术对水稻osa‑miR5504基因进行敲除或抑制其表达，选育矮杆的水稻品种，所述水稻osa‑miR5504基因的成熟序列如SEQ ID NO.1所示，其发夹结构序列如SEQ ID NO.2所示。本发明利用基因工程技术来抑制osa‑miR5504的表达，首次发现osa‑miR5504缺失表达能显著降低水稻的株高和增加水稻的单株有效分蘖数，为进一步利用osa‑miR5504基因开展水稻矮化育种提供了一种新的分子育种途径，应用前景广阔。