本发明公开了一种影响鸡的腹脂率的分子标记及其应用，鸡ALDH1A3基因3’非编码区序列g.941 T>C分子标记作为鉴定鸡的腹脂率的检测位点的应用，CC基因型个体的腹脂率显著大于TT和TC基因型个体。使用该分子标记进行标记辅助选择，能够极大地降低鸡屠宰后腹脂率，提高鸡群的饲料利用率，减少饲养成本。通过该分子标记及检测引物，可建立高效准确的分子标记辅助育种技术，将其应用于种鸡屠宰后腹脂率性状遗传改良中，从而降低鸡屠宰后腹脂率，提高鸡群的饲料利用率，提高企业销售额，增加核心竞争力。