本发明涉及一种基于FPGA调制切换的安全加密光通信调制器，包括伪随机模块、缓存模块、FIFO寄存模块和调制模块。所述伪随机模块，用于生成伪随机数据，确认与所述伪随机数据对应的信号调制格式；所述缓存模块，用于基于信号调制格式将所述光通信信号发送至所述FIFO寄存模块；所述FIFO寄存模块，接收并将所述光通信信号依次分段存储于多个FIFO寄存器中；所述调制模块，用于根据所述伪随机模块生成的所述信号调制格式对来自FIFO寄存模块的信号进行随机调制，以及生成调制信号。本发明中的方法及光通信装置利用FPGA技术，通过随机切换通信信号的调制解调方式，克服了通信性能与数据加密之间的矛盾，实现了更加安全的数据传输加密。