本发明提供一种基板处理装置、控制方法以及计算机可读存储介质，对于减少向基板喷出的处理液中的微粒是有用的。本公开的一个方面所涉及的基板处理装置具备：喷出部，其具有向基板喷出处理液的喷嘴；送液部，其向喷出部输送处理液；补充部，其向送液部补充用于向喷出部输送的处理液；连接部，其具有将补充部与送液部之间进行开闭的切换阀；过滤器，其将从补充部向送液部补充的处理液中包含的异物去除；补充准备部，其使所述补充部内与所述送液部内的压力差缩小，之后打开所述切换阀；以及补充控制部，其在所述切换阀通过所述补充准备部而被打开的情况下，使补充部开始向送液部补充处理液。