本申请公开了一种应用于PCIE对异质设备的中断处理系统与方法，其包括PCIE转接卡、储存单元与处理单元。PCIE转接卡具有控制单元、识别资讯与至少一通讯接口，该控制单元电性连接于该些通讯接口；储存单元具有服务程式、驱动程式与多个缓存结构，每一缓存结构用于存储中断要求；处理单元电性连接于PCIE转接卡与储存单元，处理单元执行驱动程式与服务程式，驱动程式根据识别资讯建立多个传输通道，并由驱动程式将不同的传输通道指派相应的通讯接口，传输通道用于传输中断要求或存取要求；若驱动程式侦测任一传输通道传输中断要求，驱动程式将中断要求存入缓存结构，若在缓存结构存在中断要求，由服务程式处理中断要求。