本发明提供了一种基于多账本架构的区块链隐私保护系统及方法，包括：主从账本架构模块、群组内账本同步模块和群组间账本可控共享模块；所述主从账本构架模块实现不同群组之间账本数据的隔离，非群组成员无法访问群组账本；所述群组内账本同步模块实现了群组内部账本一致性维护；所述群组间账本可控共享模块实现了群组间部分账本数据授权给非群组成员访问。本发明通过节点网络管理模块、账本准入模块、账本存储模块，实现了所有节点共用一套身份认证体系，一链多账本技术架构，账本之间通过权限准入实现数据隔离的技术效果。