本发明公开了一种大豆杂交F1代真实性鉴定的InDel分子标记，本发明所开发的多态性InDel分子标记，通过PCR扩增、琼脂凝胶电泳检测即可完成，解决了通过杂交F1代表型鉴定困难、准确性相对较低等问题，在杂交组合亲本选择时不再考虑其表型性状，只要两个亲本存在一定血缘差异，基本可以从这25个InDel标记筛选出多态性标记。利用本发明InDel标记方法鉴定大豆杂交F1代真实性，对仪器设备要求不高，常规PCR、琼脂凝胶电泳便可完成，操作步骤简单，结果准确可靠。