本发明提供了一种挖除巨型跨度洞室中岩柱的方法及其预支护体系，包括以下步骤：S1：设置开挖分区，确立中岩柱以及侧岩体位置；S2：在中岩柱上方施作预支护洞组，预支护洞组包括若干与洞室同向设置的超前导洞以及若干联通相邻超前导洞的连接通道；S3：开挖侧岩体，施作侧岩体初期支护；S4：在超前导洞内，沿超前导洞通长施作纵向地基梁，在连接通道内，沿连接通道通长施作横向地基梁，刚接纵向地基梁与横向地基梁。本发明的一种挖除巨型跨度洞室中岩柱的方法及其预支护体系，能够保证洞室应力场的平稳转变。