本发明公开了一种海上风电机组的环境荷载预测方法与振动预控制系统，包括海上风电机组结构以及分别与风电机组结构固定连接的风速测量装置、磁流变阻尼器阵列、浪高测量装置、流速测量装置、结构振动控制终端；所述结构振动控制终端将对风速测量装置、浪高测量装置和流速测量装置测得的实时数据进行经验模态分解和自回归滑动平均模型构建，实现对风速、浪高以及流速的荷载预测，进而结合数字孪生模型输出磁流变阻尼器阵列的控制力，实现海上电机组结构的多频振动控制。本发明可以在荷载作用于结构前得到荷载影响，实现结构振动的提前控制，进而规避结构产生的瞬态极大响应，降低结构与机械装置的损伤。