本申请提出一种用于检测电池分子衰变的芯片、电池活性保护系统及方法，具体方案为：通过第一计时器在第一触发器采集的上升沿的触发下开始计时生成第一计数值，第二计时器在第二触发器采集的下降沿的触发下开始计时生成第二计数值，比较器在第一计数值和第二计数值一致时输出目标标志位并发送给第一输出开关和第二输出开关，以使第一输出开关和第二输出开关在接收到目标标志位时分别输出第一计数值和第二计数值至处理单元，处理单元根据第一计数值和第一计时器的晶振频率计算得到第一时间，根据第二计数值和第二计时器的晶振频率计算得到第二时间，进而计算第二时间与第一时间的差值得到电池分子衰变时间，能够提高电池分子衰变检测的精度。