本发明提供了一种基于信号注入的中性点间接接地故障检测系统，所述故障检测系统包括信号采集单元、第一信号调理单元、信号注入单元、注入信号采集单元、第二信号调理单元、控制处理单元、显示单元和通信单元；所述故障检测系统根据所述信号采集单元采集的信息控制所述信号注入单元是否向系统注入电流信号，再根据所述注入信号采集单元采集的信息判断具体的接地线路，并通过所述显示单元进行故障显示、通过所述通信单元上传至远程监控中心。本发明提供一种基于信号注入的中性点间接接地故障检测系统，能够准确检测出接地故障和具体的接地线路，保证配电系统的工作可靠性。