本发明提供了一种配电系统运行柔性的量化评估方法及系统，包括：步骤M1：输入初始规划运行数据；步骤M2：基于初始规划运行数据生成初始净负荷规划场景；步骤M3：基于初始净负荷规划场景求解规划层优化模型，确定扩建方案S1，并计算总投资；步骤M4：根据扩建方案S1修正配电系统网架及约束，求解运行层优化模型，确定配电系统中各设备运行状态；步骤M5：根据配电系统中各设备运行状态修正得到新的净负荷规划场景，求解规划层优化模型，确定扩建方案S2，并计算总投资；步骤M6：判断方案S1的总投资与方案S2的总投资误差是否小于预设值，当误差大于预设值时，则将扩建方案S2设置为扩建方案S1，重复执行步骤M4至步骤M6，直至规划结果小于等于预设值。