本发明公开了一种声光双载波互校验水下通信方法、系统及存储介质，对声波通信模块和自由空间光通信模块做紧耦合功能集成，通过双载波信息传输、同源信息互校验等手段，提升水下通信可靠性。本发明结合了声波通信传输距离长、覆盖范围广和蓝绿光通信抗干扰能力强、编码速率高的技术优势，通过双载波信息传输和距离相关工作模式切换等方式拓展了水下通信的适用范围，借助冗余信息互校验机制有效降低水下通信的丢包率和误码率，为大范围、大纵深、高可靠水下通信提供全新思路参考。