本发明涉及一种运维主站就地化保护装置软件版本管理方法及系统，当有软件更新时，把软件文件包放置在备份文件下载区的存储路径下，然后将文件签入保护配置备份区；当需要修改软件时，将选择的软件文件由保护配置备份区签出至备份文件下载区进行修改，修改完毕后再签入；下装时，将选择的软件文件，通过站控层网络下装至就地化保护智能管理单元，再下装到就地化保护装置，对版本信息进行对比。本发明实现了运维主站就地化保护设备软件的在线管控，实现变电站无人值守情况下的管理，包括新增就地化保护装置、装置软件签入及签出、装置软件版本管理、网络装载、软件版本在线校核及异常告警、告警信息存储和查询、权限管理、操作信息记录及检索。