本发明公开了一种基于PUF和CPK算法的物联网设备身份认证方法、系统及存储介质，旨在解决现有技术中物联网设备身份认证安全性不足、资源受限的技术问题。其包括：基于PUF获取物联网设备的挑战和响应，并利用物联网设备的挑战、响应和预生成的设备标识ID构建设备指纹库；基于CPK加密算法和设备标识ID生成物联网设备的公私钥；基于设备指纹库和公私钥进行物联网设备双重身份认证，获取身份认证结果。本发明能够在提高物联网设备身份认证安全性的同时降低物联网设备的资源消耗，身份认证结果更加准确可靠。