基于全基因组选择的大黄鱼抗刺激隐核虫病的选育方法，属于动物抗病育种领域。方法：建立参考群体；对参考群体群体进行抗性性状测量；建立选育群体；对参考群体和选育群体进行基因分型；建立最佳全基因组选择模型；对选育群体的基因组育种值GEBV进行估算；以一定的选择强度选取选育群体GEBV值排在前面的个体作为亲鱼，并繁殖产生抗刺激隐核虫子一代；对抗性子一代进行刺激隐核虫攻毒验证。抗虫性显著提升。提高了对选育群体基因组育种值的估计准确性，大大缩短育种年限，在一代之内就可获得高抗性的后代，减少了刺激隐核虫对大黄鱼养殖产业造成的经济损失，同时也为其他鱼类的抗病育种提供借鉴和基础，具有广阔的应用前景。