本发明提供一种湖泊分级分期旱限水位确定方法及系统，包括：基于湖泊生态水位分析法确定不同来水频率下每个月的湖泊生态水位；基于预测经济社会发展指标和预测用水定额计算不同来水频率下每个月的湖泊外用水需求量；基于入湖口长期流量数据或出湖口长期流量数据确定不同来水频率下每个月湖泊入湖流量；基于湖泊蒸发站点的测量数据或太阳辐射强度数据和气象数据确定不同来水频率下每个月的湖面蒸散发量；基于不同来水频率下每个月的湖泊生态水位、湖泊外用水需求量、湖泊入湖流量以及湖面蒸散发量确定不同来水频率下每个月的旱限水位；采用Fisher最优分割法进行分期，进而确定不同来水频率下每一分期的旱限水位。本发明可以分级分期确定湖泊旱限水位。