本发明公开了一种电力现货市场下不同发电成本机组的出清方法及系统，本发明通过将低、高成本机组申报的电力现货市场价格参与电力现货市场的交易量价曲线，将高成本机组申报的市场补贴价格参与补贴竞价市场的价格曲线；针对电力现货市场的交易量价曲线和补贴竞价市场的价格曲线，采用两步出清计算最终对运行日的机组开机组合、机组出力曲线进行交流潮流安全校核得到日前现货市场出清结果输出。本发明能够解决目前电力现货市场中不同发电成本机组同台竞价与充分竞争问题，避免低成本机组出清价格被高成本机组抬高，有利于电价稳定，可避免传统固定补贴标准测算不准、更新不及时而引发高发电成本机组过度参与或无法参与电力现货市场的问题。