本发明提供一种燃料电池用不同侧链型阴离子交换膜及其制备方法，属于高分子化学和阴离子交换膜燃料电池领域。该阴离子交换膜按单体摩尔比不同：甲基氢醌单体与烯丙基双酚S单体摩尔比为：a：b（a、b均为1~9的整数且a+b=10）；本发明还提供一种不同侧链型阴离子交换膜的制备方法，该方法是利用亲核缩聚反应按单体摩尔不同比进行聚合，形成含甲级氢醌单体和含烯丙基双酚S单体不同比例的聚芳醚酮，制备一种不同侧链型阴离子交换膜。本发明的不同侧链型阴离子交换膜在80℃时的离子传导率最高可达到0.137 S/cm。