本发明涉及分子标记辅助育种技术领域，具体涉及与葡萄酯类香气物质含量相关的SNP分子标记及其应用。该SNP分子标记位于葡萄醇酰基转移酶编码基因的编码区，以SEQ ID NO.1所示序列为参考序列，该SNP分子标记含有葡萄醇酰基转移酶编码基因第1848位、1879位、1935位、1959位、1989位和2005位的多态性分别为T或A/C/G、A/G或T/C、G或A/T/C、T或A/C/G、G或A/C/T以及G或A/C/T的核苷酸序列。该SNP分子标记与葡萄酯类香气物质含量紧密关联，可用于鉴定葡萄酯类香气物质含量高低，重复性好、准确性高且适用性广，可实现酯类香气物质含量性状的苗期早期鉴定和选择。