本发明提供一种卷烟滤棒物理指标检测仪器数据对比及自动预警方法，包括获取第一预设数量的检测样品，获取第二预设数量的试验样品，将检测样品以及试验样品分别置于多个检测仪器中进行检测，获取多组检测数据；判断各组检测数据中是否存在异常数据；如不存在异常数据，选定一台为基准检测仪器；判断基准检测仪器的检测数据与对比检测仪器的检测数据是否满足预设的第一检测公式，第一检测公式为基于基准检测仪器的检测数据标准偏差、对比检测仪器的检测数据标准偏差的检测公式；如对比检测仪器的检测数据不满足第一检测公式，特殊显示不满足第一检测公式的一组对比检测仪器的检测数据。本发明可以实现卷烟滤棒物理指标检测仪器数据的自动化对比。