本公开提出了一种自由活塞直线发电机上止点位置的控制方法及系统，基于FPLG动子能够运动到上止点位置时，上止点位置前某一位置处动子运动速度和点火时刻对应关系，获得两者关系MAP图；根据MAP图和上止点位置前某一位置处动子实际速度或实际速度与目标速度偏差，插值计算最佳点火时刻，基于最佳点火时刻控制发动机火花塞按最佳点火时刻点火，保证动子所能到达的实际上止点位置和设定的上止点位置接近，以保证FPLG稳定运行。本公开技术方案根据实时燃烧状况调整发电机负载，使动子能够达到设计上止点附近，并结合上止点位置前某一位置处动子速度监测，根据该处实际速度和目标速度差异，确定下一个最佳点火时刻，进而保证活塞可以更稳定的运行到下一个上止点，实现上止点位置波动较小，进而实现FPLG的稳定运行。