本发明公开了一种单泡双向透射的双通道法拉第原子鉴频器，包括第一偏振器、磁体、单路控温器、原子泡、第二偏振器、第一反射镜、偏振合束器、光电探测器、第二反射镜、第一半波片、第三反射镜、第四反射镜、第二半波片。本发明采用一个原子泡双向透射的方式，达到入射光的两个偏振分量都实现原子鉴频的双通道效果。入射光的两个偏振分量在同一个原子泡的同一个区域实现鉴频滤光，使得在克服偏振损耗、提高透射率的同时，彻底避免了磁场、温度等工作参数不一致的问题，保证了双通道法拉第原子鉴频器的光谱稳定性。