一种适用于间隔式DTU的故障定位方法及系统，包括：基于线路设置的故障点，采集故障后一个工频周期的暂态零序电流信号；对所述暂态零序电流信号进行广义S变换，得到所述暂态零序电流的信号采样时间和离散频率的S矩阵；基于所述S矩阵计算故障线路中相邻两故障点的暂态零序电流信号能量差值，并基于所述能量差值确定故障区段，故障定位结果不受故障点位置、故障角以及过渡电阻影响，且故障区段两端能量差明显大于健全区段两端能量差，定位结果可靠性较高。