本发明提供一种轻度盐碱地改良菌剂的制备方法，包括：S1、取厨余垃圾堆肥样品并培养、收集、稀释得悬浮菌液；S2、取悬浮菌液并涂布至初次筛选培养基上，保温振荡培养后，分离固氮菌并接种至培养基表面，得初步筛选菌种；S3、取初步筛选菌种并稀释后涂布至二次筛选培养基上，培养得二次筛选菌种；S4、取二次筛选菌种并接种三次筛选培养基上，培养得最终筛选菌种；S5、取脱硫石膏制备改性基质，将改性基质与蛭石混合，制备菌剂基质；S6、取最终筛选菌种并稀释得筛选菌种液，混合干燥，制备得轻度盐碱地改良菌剂。根据本发明实施例的轻度盐碱地改良菌剂的制备方法，有效修复盐碱地环境，固化土壤肥力的同时，提高修复后盐碱地的修复稳定性。